Pada pertengahan tahun 1966, satu rombongan terdiri daripada Ahli Jawatankuasa Masjid Mukim Serting Ulu telah pergi berjumpa Tuan Sheikh Ahmad (beliau pada masa itu adalah Mufti Negeri Sembilan Darul Khusus) untuk mendapatkan persetujuan beliau bagi membina sebuah masjid di Mukin Serting Ulu. Ahli-ahli Jawatankuasa yang menyertai rombongan ini terdiri daripada :
Abu samah bin Mat Zin (Ketua Kampung)
Razak bin Bawal (Nazir Masjid)
Idris bin ismail (Setiausaha Masjid)
Nordin bin Kohad (AJK Masjid)
Jusa bin Daud (AJK Masjid)
Rombongan AJK ini telah mengemukakan hajatnya kepada Tuan Mufti untuk mendirikan sebuah masjid di Mukim Serting Ulu. Setelah berbincang dengan panjang lebar, Tuan Mufti telah tidak bersetuju dengan cadangan tersebut. Sebaliknya beliau bersetuju untuk mendirikan sebuah Sekolah Agama di Mukim Serting Ulu.
Hasrat untuk mendirikan sebuah masjid di Mukim Serting Ulu telah gagal. AJK telah membincangkan perkara yang telah dicadangkan oleh Tuan Mufti tersebut sewaktu dalam perjalanan pulang. Akhirnya mereka telah sebulat suara bersetuju dengan cadangan yang telah dibuat ileh Tuan Mufti tersebut. AJK telah berjumpa dengan Ketua Kampung Bayai dan Ketua Kmapung Serting Tengah untuk membincangkan semula tentang pembinaan sebuah Sekolah Agama. Di akhir perbincangan tersebut, keputusan telah diambil bahawa pembinaan Sekolah Agama tidak akan diadakan disini. Pada penghujung tahun 1966, Mesyuarat Jawatankuasa Kemajuan Kampung telah diadakan di setiap Mukim. Mesyuarat ini dipengerusikan oleh Ketua Kampung masing-masing.
Pada 1 Januari 1967, ketiga-tiga kampung ini telah disatukan oleh Kerajaan Negeri. Mesyuarat pertama tersebut telah diadakan di Balai Raya Batu 39, Serting Tengah. AJK yang telah dilantik terdiri daripada :
1. Datuk Musa Lasim bin Pecuk (Ketua Kampung Bayai)
2. Tok Mat Arjo (Ketua Kampung Serting Tengah)
3. En. Abdullah bin Tahir
4. En. Md. Nor bin Ahmad
5. En. Sutin bin Samad
6. En. Silong bin Ibrahim
7. En. Idris bin Ismail
8. En. Karim bin Yassin
Dalam mesyuarat AJK, satu cadangan telah dibuat untuk mengadakan sebuah Kelas Agama di Mukim Serting Ulu. Kelas ini bertujuan untuk menampung anak-anak yang keluar dari sekolah kebangsaan yang berhampiran. Cadangan ini telah diterima sebulat suara. Setiausaha telah diarahkan untuk membuat permohonan pembikinan Kelas Agama tersebut kepada Jabatan Agama Islam Negeri Sembilan Darul Khusus. Pada penghujung bulan November 1986, Jabatan Agam Islam telah meluluskan permohonan tersebut. Mulai 1 Januari 1969, guru-guru yang mengajar dan buku-buku teks pelajaran dibiayai oleh kerajaan. Kelas Agama ini dinamakan Sekolah Agama Rakyat. Sekolah ini ditempatkan di Balai Raya Serting Tengah. Pendaftaran dan kemasukan pelajar-pelajar dibuka kepada lepasan sekolah-sekolah kebangsaan yang tamat darjah enam dari tempat yang berhampiran supaya dapat memasuki tingkatan satu disekolah ini.
Pada tahun pertama (1969), seramai 25 orang murid telah mendaftar. Guru pertama mengajar di sekolah ini ialah Ustaz Jamaludin. Kemudian disusuli oleh Ustazah Supiah binti Bador. Pada tahun 1970, seramai 27 orang murid lagi telah mendaftar dan seorang guru perempuan telah di tambah. Tahun berikutnya (1971), seramai 26 murid telah mendaftar. Memandangkan keadaan Balai Raya yang kecil dan tidak dapat menampung jumlah murid yang semakin ramai serta peralatan sekolah yang hanya dibiayai oleh Ajk, maka satu tindakan harus diambil.
Satu mesyuarat telah diadakan oleh AJK pentadbiran Sekolah-sekolah Agama Negeri Sembilan Darul Khusus iaitu Tuan Haji Mustafa bin Haji Ahmad yang mewakili pihak jabatan untuk menguruskan satu tapak sekolah baru seperti yang ada sekarang.
Untuk mendirikan bangunan sekolah baru ini pihak AJK telah memungut derma dari orang ramai. Tuan Wan Fizi (Pegawai Perhutanan Daerah Kuala Pilah) telah menyumbangkan 1/3 daripada nilai perbelanjaan bangunan sekolah. Bakinya iaitu 2/3 adalah hasil sumbangan daripada orang ramai dan termasuk satu ribu ringgit sumbangan daripada YB. Dato' Thong Han Kim (Wakil Rakyat Bahau). Pembinaan sekolah ini telah dilaksanakan secara bergotong-royong.
Selepas dua tahun dugunakan, pihak Jabatan Agma Islam Negeri Sembilan Darul Khusus mendapati sekolah ini tidak sesuai lagi digunakan. Jabatan Agama dengan murah hati telah memberi peruntukan membina bangunan dua tingkat yang ada sekarang berserta dengan dua buah rumah guru. Pada penghujung tahun 1974, bangunan sekolah ini telah siap dibina. Sekolah ini hanya dapat menanpung murid-murid sehingga tingkatan tiga sahaja. Murid-murid yang berjaya dalam peperiksaan SRP akan melanjutkan pelajaran mereka ke sekolah lain. Pada tahun 1975, bilangan murid yang memasuki sekolah ini semakin meningkat. Permohonan kemasukan murid-murid terpaksa ditapis bagi mereka yang datang dari jauh. Atas desakan ibubapa, pihak AJK telah menyediakan sebuah mini asrama untuk murid perempuan. Murid lelaki pula telah ditempatkan di rumah guru yang dijadikan asrama mereka. Pada masa itu bilangan penghuni asrama seramai 150 orang.
Pada awal tahun 1985, pihak Jabatan Agma Islam telah mendirikan sebuah bangunan tiga tingkat . Pada awal tahun 1986, bangunan ini telah dapat digunakan oleh murid-murid. Pengetua sekolah pada ketika ini ialah Ustaz Haji Osman bin Ismail yang mengantikan Ustaz Jamaludin yang telah ditukarkan pada tahun 1978.Ustaz Haji Osman telah dibantu oleh 9 orang guru. Ustaz Haji Osman telah bersara pada pertangahan tahun 1986. Beliau telah digantikan oleh Ustaz Surul bin Miri. Pada waktu itu bilangan pelajar telah meningkat ke angka 300 orang. Terdapat seramai 10 orang guru terlibat dalam pengajaran. Pada awla tahun 1989, Ustaz Surul telah bertukar ke sekolah Menengah Agama Ampangan dan digantikan oleh Ustaz Haji Kudus bin Haji Zainal. Pada masa itu terdapat seramai 20 orang guru yang mengajar di sekolah ini.Guru-guru ini adalah terdiri daripada guru-guru yang dipinjamkan oleh Kementerian Pendidikan Malaysia dan juga guru-guru yang ditaja oleh Jabatan Agama Islam Negeri Sembilan Darul Khusus.
Pada pertengahan tahun 1994, Ustaz Haji Kudus telah berpindah ke Sekolah Agama di bawah Kementerian Pendidikan dan tempatnya digantikan oleh pengetua yang baru iaitu Ustaz Abdul Malik bin Shamsudin. Dibawah pengurusan dan pentadbiran beliau, terdapat pelbagai kemajuan dan pembangunan yang telah beliau usahakan. Antaranya ianlah bangunan Asrama Puteri, Dewan Khalid Al Walid, dan juga bangunan Kemahiran Hidup Bersepadu. Beliau kemudiannya ditukarkan ke Sekolah Maahad Ahmadi Gemencheh pada tahun 2003. Bermula pada tahun 2003 sehingga sekarang Ustaz Kamaruzaman bin Jaafar telah menjadi pengetua bagi Sekolah Menengah Agama Dato' Haji Mustafa. Dibawah pimpinan beliau, pentadbiran sekolah telah berjalan dengan lancar dan disamping itu beliau telah berusaha keras untuk membaikpulih bagunan sekolah dan juga asrama. Selain daripada itu, bilangan pelajar telah bertambah dari masa ke semasa di atas permintaan yang tinggi daripada kalangan ibubapa dan penduduk setempat.
